Isolation and characterization of viroid-binding proteins

Resumen

Los viroides son parásitos intracelulares, formados por una molécula circular de RNA de cadena simple.Los genomas viroidales no tienen ninguna pauta de lectura, por lo que necesitan tomar prestada la maquinaria transcripcional de la célula huésped. La identificación de los factores de dicha célula huésped que interaccionan con los viroides es necesaria para entender las interacciones y funciones de estos peculiares patógenos. Durante esta tesis doctoral, se aislaron y caracterizarón proteínas que interaccionan con RNA viroidal, para lo cual se desarrolló una nueva técnica denomiada "RNA-Ligand Screening". Las proteínas fueron aisladas de una genoteca de cDNA de expresión, generada a partir de mRNA extraido de plantas Lycopersicum esculentum infectadas con el viroide del tubérculo fusiforme de la patata (PSTVd) que se rastreó con una sonda de RNA de dicho viroide: Durante el curso de estos estudios se aislaron dos proteínas que intraccionan con el viroide PSTVd.Estas proteínas denomiandas Virp1 y Virp2 tienen un peso molecular de 66 y 50 Kda, respectivamente. Mientras que Virp1 interacciona únicamente con RNAs viroidales pertenecientes al grupo del PSTVd, la proteína Virp-2 es capaza de intraccionar con cualquier tipo de RNA, siempre y cuando sea de tipo viroidal. Los análisis comparativos de estas dos secuencias con las bases de datos reveló que Virp1 no mostraba homología significativa con proteína alguna conocida,por el contrario Virp2 mostraba una homología del 92% a nivel de la secuencia de aminoácidos con una Amonitransferasa. La proteína Virp1 fue caracterizada en mas detalle que Virp2. Por los resultados experimentales obtenidos durante la caracterización de Virp1 se pudo concluir que esta proteína es un factor de transcripción.,En esta tesis se discute la posible función o funciones de esta proteína en el ciclo de vida del viroide.