Análisis bioinformático del promotor proximal para predecir mecanismos de corregulación del a expresión génica

Abstract

ANÁLISIS BIOINFORMATICO DEL PROMOTOR PROXIMAL PARA PREDECIR MECANISMOS DE CORREGULACION DE LA EXPRESIÓN GENICA #RESUMEN: Los experimentos de expresión génica a gran escala mediante microarrays de DNA permiten estudiar los sistemas biológicos con gran eficacia. El análisis de los datos de expresión a nivel genómico puede esclarecer los mecanismos asociados tanto a respuestas adaptativas celulares como a la progresión de enfermedades. sin embargo, la interpretación de las descripciones moleculares generadas continua siendo un reto para 1os investigadores. El desarrollo de nuevas herramientas para identificar los mecanismos de regulación responsables de la coexpresión de un conjunto de genes puede incrementar la capacidad de extraer información funcional relevante a partir de los datos de expresión génica. Esta tesis describe la aplicación web FactorY que incluye una base de datos denominada PromoterDB, métodos estadísticos para analizar el enriquecimiento de motivos de unión a factores de transcripción en el promotor de genes coexpresados y herramientas bioinformáticas para la interpretación de los resultados. PromoterDB almacena las secuencias del promotor proximal de los genomas de humano, ratón y rata y la posición de los motivos detectados en dichas secuencias.La metodología desarrollada ha sido evaluada con datos públicos ycon un experimento de microarrays en el que se estudia el efecto biológico inducido en células HepG2 por el tratamiento con distintos subtipos de interferón-alpha.