In silico analysis of regulatory motifs in gene promoters

Resumen

La regulación de la transcripción de los genes eucariotas es un proceso complejo que implica muchas proteínas diferentes, algunas de las cuales se unen a motivos de ADN específicos que se encuentran localizados en la región promotora de los genes. Se espera que la necesidad de mantener las interacciones específicas entre los factores de transcripción y las proteínas implicadas en el complejo de la ARN polimerasa II imponga limitaciones en la posición relativa y el espaciado de los motivos de interacción con el ADN. El trabajo presentado en esta tesis incluye el desarrollo de un nuevo método para la identificación de motivos que presentan una localización preferencial en secuencias de ADN y la implementación de una aplicación web pública llamada PEAKS. Hemos investigado si la posición y la naturaleza de la mayoría de los motivos comunes depende del rango de expresión del gen. Hemos encontrado diferencias que sirven para ilustrar el hecho que muchas señales clave de regulación génica pueden estar presentes en la región proximal del promotor de los genes de mamíferos. También aplicamos otros métodos para la identificación de factores de transcripción (TFs) específicos involucrados en la co-regulación de un grupo de genes. Evidencia experimental de sitios de unión de factores de transcripción (TFBS) apoyan la relevancia biológica de nuestros resultados.